共同组装多组分蛋白纳米材料的精确设计

　　在Rosetta大分子建模套件中，蛋白质结构中残基之间的连接表示为有向的无环，图为“折叠树 ” 32,38 。在对称系统中对多个亚基进行建模时，可以通过修改折叠树中的适当连接来控制亚基的刚体方向。在这项工作中，我们扩展了Rosetta ，以允许多个独立管理的连接从折叠树到模型结构的非对称单元（ASU）中的亚基。为了证明此更改启用的新行为，显示了D32体系结构的三个不同的对称折叠树表示。在此体系结构中，由于其相对简单性而被使用，两个三聚体构建块（小麦）沿D3点组对称的三倍旋转轴对齐，而三二聚体构建块（浅蓝色）沿二倍旋转轴对齐。a，以二聚体为中心的单组分对称情况。刚体的自由度（RB DOF，黑线）JD3将二聚体亚基连接到ASU中的Trimer亚基的下游是RB DOFS JD1和JD2的下游，可控制二聚体亚基；在这种情况下，三聚体亚基的位置取决于二聚体亚基的位置。B，以三聚体为中心的单构件对称情况。RB DOF JT3将三聚体亚基连接到ASU中的二聚体亚基是RB DOFS JT1和JT2的下游，可控制Trimer子亚基；在这种情况下，二聚体亚基的位置取决于三聚体亚基的位置。C，多组分对称情况。使用多组分对称建模，ASU中的RB DOF控制了Trimer亚基（JT1和JT2）和DIMER亚基（JD1和JD2）是独立的。在这种情况下在独立移动构件时要维护（JT1和JD1）。有关其他讨论，请参见补充方法。

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